مهمترین مشکلات بخش کشاورزی شهرستان نایین در سال زراعی 98-97     1.     کمبود اعتبار برای بازسازی و مرمت قنوات با توجه به وجود 580 رشته قنات در شهرستان.   2.  کمبود اعتبار برای احداث استخرهای ذخیره آب کشاورزی، لوله گذاری و احداث جاده دسترسی به  مزارع.    3.     بازنشستگی نیروها و کمبود نیروی انسانی در مرکز شهرستان و مرکز جهاد کشاورزی چوپانان.    4.     گران شدن و عدم ثبات قیمت نهاده های مورد نیاز مرغداران و دامداران